По свидетельствам историков, первый футбольный матч в Новониколаевске состоялся в апреле 1906 года, когда на перегоне Чебула – Ояш (недалеко от станции Болотное) сошёл с рельсов воинский эшелон. Большинство пассажиров остались целы и невредимы, но движение остановилось надолго. Чтобы скоротать досуг, армейцы устроили футбольный турнир. Ровную лужайку солдаты нашли без проблем, ну а ворота сделали из патронных ящиков. Это историческое событие запротоколировал врач по фамилии Абдрин. В первые годы после революции новониколаевцы стали принимать участие в популярных тогда товарищеских футбольных матчах. Играли в основном с соседями – томичами, омичами, красноярцами…
12 февраля 1926 года Новониколаевск был переименован в Новосибирск, а 8 августа 1927 г. уже состоялось открытие центральной спортарены — стадиона «Спартак». На этом стадионе стали проходить самые важные футбольные матчи. Получив статус столицы Сибири, Новосибирск обрёл право собирать под свои знамёна и лучших спортсменов округа. В 1928 году футбольная сборная Сибири дебютировала во Всесоюзной спартакиаде.
Датой рождения новосибирского профессионального футбола принято считать 1936-й год, когда новосибирский завод им. Чкалова сменил профиль на самолётостроение. Со всех концов страны в Новосибирск были мобилизованы сотни красноармейцев, многие из которых не только любили футбол, но и неплохо в него играли. Так в Новосибирске родился первый, можно сказать, профессиональный клуб «Крылья Советов». В разные годы Новосибирск представляли в чемпионатах страны «Сибсельмаш», «Сибэлектротяжмаш», СКА, «Дзержинец», «Чкаловец», «Сибирь»…
За всю историю новосибирского футбола команда из нашего города выступала в элитном дивизионе чемпионата страны лишь однажды: в 2010 году в Премьер-лиге выступила «Сибирь», которая параллельно дошла до финала Кубка России и выступила в квалификационных раундах Лиги Европы УЕФА. Рекордсменом по числу официальных матчей за новосибирские клубы является защитник Муртаз Начкебия (443 матча), лучшим бомбардиром в истории новосибирского футбола – нападающий Дмитрий Акимов (133 гола).
В июле 2019 года в соответствии с распоряжением Губернатора Новосибирской области была создана Автономная некоммерческая организация «Футбольный клуб «Новосибирск» (АНО «ФК «Новосибирск»). Учредителем АНО «ФК «Новосибирск» является Правительство Новосибирской области в лице министерства физической культуры и спорта Новосибирской области.